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北京畜牧獸醫研究所豬基因組近交系數評估取得新進展
2020-05-15 10:41   中国畜牧网

近日,牧醫所豬遺傳育種創新團隊在豬基因組近交系數評估上取得新進展,爲豬的育種保種工作和避免實際育種中的近親交配提供了參考依據。

据介绍,连续纯合片段(runs of homozygosity, ROH)是亲代将同源相同的单倍型传递给子代而形成的,基于ROH计算的基因组近交系数是个体真实的近交系数,它比传统系谱计算的期望近交系数更加准确,而且不再依赖于系谱记录的准确性和完整性,能准确地反映两个配子间的关系。

研究针对2569个大白猪共检查到176182个ROH,其中ROH数目最多的染色体为6号,最少的为12号,而覆盖率最高为14号,最低的为13号。研究进一步发现,检测到的ROH并非均匀分布在基因组上,通过ROH计算的平均基因组近交系数为0.14,而系谱为0.011,两者的相关系数为0.35,并在ROH富集的基因组区段注释到与大白猪繁殖性状、肌肉发育和脂肪沉积相关的基因,如: SIRT1 、 MYPN 、 SETDB1 和 PSMD4 ,为鉴定候选基因提供了有效的方法。

研究成果已发表在农林科学1区和奶制品与动物科学1区的《Journal of Animal Science 和 Biotechnology》上。本文的第一作者为史良玉博士研究生和王立刚副研究员,通讯作者为王立贤研究员和赵福平副研究员。该研究得到国家自然科学基金项目(No.31572357)和生猪现代产业技术体系(CARS-35)支持。

原文鏈接:https://jasbsci.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40104-020-00447-0

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